Potyvirus

Potyvirus adalah genus virus yang paling banyak menimbulkan kerugian hasil pertanian dibandingkan dengan virus-virus dari genus yang lainnya. Hal ini disebabkan oleh jumlah spesies Potyvirus yang banyak, penyebaran yang mudah melalui kutu daun secara nonpersisten yang sulit dikendalikan, infeksinya pada tanaman inang yang menimbulkan gejala nekrosis, klorosis, dan kerdil (Lindbo et al., 1992; Tomaru, 1994 dalam Noveriza et al. 2012). Hasil penelitian Akin dan Sudarsono (1997) menunjukkan adanya enam strain PStV dari PStV yang diisolasi dari berbagai daerah di Indonesia. Strain-strain PStV tersebut dibedakan berdasarkan karakter gejala infeksinya pada kacang tanah kultivar Landak, yaitu: blotch, blotch-stripe, chlorotic ring-mottle, mild mottle, severe blotch-stripe, dan stripe.

Taksonomi Potyvirus sebagai kelompok virus tumbuhan terbesar, sampai saat ini masih sulit dilakukan dengan baik karena besarnya variasi diantara anggota kelompok sehingga sulit membedakan antar strain Potyvirus (Ward & Shukla, 1990). Shukla dan Ward (1988) menggunakan runutan asam amino CP untuk menilai hubungan kekerabatan dari 17 strain yang berasal dari delapan spesies Potyvirus. Hasil kajian tersebut menunjukkan spesies-spesies yang berbeda mempunyai kesamaan runutan asam amino CP 38-71% dan untuk strain-strain dalam virus yang sama homologinya 90-99%. Frankel et al. (1989 dalam Akin, 2008) melaporkan hasil studi homologi runutan nukleotida 3’UTR strain-strain dari watermelon mosaic virus (WMV) dan soybean mosaic virus (SMV). Hasil studi tersebut menunjukkan homologi runutan nukleotida 39-53% untuk virus yang berbeda dan 83-99% untuk strain dalam jenis virus yang sama.

Potyvirus memiliki selubung protein yang berfungsi untuk penularan melalui kutu daun, pergerakan virus dari sel ke sel dan pergerakan virus secara sistemik, pembentukan selubung virus dan replikasi virus (Uncuqui-Inchima et al. 2001). Genom Potyvirus mempunyai satu open reading frame (ORF) yang mengkode 340-350 KDa precursor poliprotein. Translasi RNA Potyvirus dimulai dari kodon awal AUG pada posisi nekloitida 145-147 dari ujung 5’ genom Potyvirus, kodon stop terletak pada nekloitda  ke 9525-9589 dari ujung 3’ genom Potyvirus dan diikuti oleh sekuen poliadenilasi (Poly A).

Protein yang terdapat pada genom Potyvirus mempunyai fungsi masing-masing (Uncuqui-Inchima et al. 2001). Protein P1 (Proteinase) diduga berperan dalam perpindahan virus dari sel ke sel. Protein Hc-Pro berfungsi sebagai sarana atau media penularan virus dengan bantuan serangga kutu daun. Protein P3 fungsinya belum diketahui secara pasti, tetapi kemungkinannya berperan dalam replikasi virus. Protein CP befungsi dalam penularan virus melalui vector serangga dan perpindahan virus dari sel ke sel. NIa-VPg yaitu protein yang menempel pada ujung 5’RNA untuk permulaan sintesis RNA. Protein NIa-Pro sebagai proteinase major sedangkan Protein Nib berfungsi dalam replikasi genom (RNA dependent RNA polymerase/RdRp). Protein 6K1 dan 6K2 belum diketahui fungsinya secara pasti, protein ini kemungkinan berfungsi dalam replikasi RNA dan mengatur fungsi translokasi Nia nuclear.

Ekspresi genom Potyvirus terjadi melalui translasi poliprotein dari genom virus. Poliprotein kemudian mengalami pemotongan dalam sitoplasma menjadi prtein fungsional dan struktural sesuai dengan gen yang disandikan. Pemotongan poliprotein dilakukan protease yang terjadi selama dan sesudah translasi. 

Replikasi virus yang mempunyai genom +ssRNA terjadi melalui beberapa tahap, yaitu 1) virus masuk kedalam sitoplasma tanaman inang, 2) komponen virus akan terpisah antara selubung protein dan asam nukleat, 3) RNA virus bergabung dengan ribosom tanaman inang dan sintesis polymerase untuk replikasi RNA, sehingga dihasilkan untai negative RNA, 4) sintesis untai RNA positif dan mRNA protein selubung menggunakan untai RNA negative sebagai cetakannya, 5)membentuk subunit selubung dalam jumlah besar dan 6) virion terbentuk melalui penggabungan antara untai positif RNA dengan protein selubung, selanjutnya virus menyebar ke sel sekelilingnya melaui plasmodesmata.